«Заплыли» - ударение в слове
В данном слове ударение следует ставить на слог с буквой Ы — заплЫли.
заплЫли.
Заплыли - образовано от слова заплыть
Примеры
Небольшие глаза его, кофейного цвета, заплы́ли.
Правый бок и вся грудь у Фродо заплы́ли сплошным синяком.