«Транскрибировать» - ударение в слове
В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой И — транскрибИровать.
транскрибИровать.
Примеры
Например, английское имя John на русский язык никак не переведёшь, поскольку у него нет значения, вот и приходится транскриби́ровать так, чтобы звучало похоже, — ДЖОН. — Максим Кронгауз, Русский язык на грани нервного срыва