«Стигмой» - ударение в слове
В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой И — стИгмой.
стИгмой.
Стигмой - творительный падеж слова стигма
Примеры
Монадные формы и стадии с двумя неравными жгутиками и сти́гмой, расположенной на переднем крае хроматофора, под его оболочкой. — Н. А. Лемеза, Альгология и микология. Практикум, 2008