«Спирохетой» - ударение в слове
В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой Е — спирохЕтой.
спирохЕтой.
Спирохетой - творительный падеж слова спирохета
Примеры
Это инфекционные заболевания матери во время беременности (вирусный грипп, краснуха, тиф, дистрофия, заражение плода токсоплазмозом, спирохе́той и др.). — В. В. Воронкова, Социально-бытовая ориентировка учащихся 5-9 классов в специальной (коррекционной) общеобразовательной школе VIII вида, 2010