«Сертификатом» - ударение в слове
В таком слове ударение ставят на слог с буквой А — сертификАтом.
сертификАтом.
Сертификатом - творительный падеж слова сертификат
Примеры
ThinkCentre M71e соответствует стандартам энергопотребления Energy Star и обладает золотым сертифика́том EPEAT. — PC Magazine/RE, Журнал PC Magazine/RE №7/2011
При приобретении мумиё желательно знать, подтверждено ли оно сертифика́том официальных фармакологических учреждений. — Ю. Ю. Елисеев, Осторожно, мумие, 2013