«Сепарируют» - ударение в слове
В данном слове ударение следует ставить на слог с буквой И — сепарИруют.
сепарИруют.
Сепарируют - образовано от слова сепарировать
Примеры
Союзники каждый раз уверяли, что надёжно сепари́руют демонскую душу, отделив её от плоти, но остатки этой души с её странными, чужеродными мыслями, желаниями, горестями, неизменно просачивались, и после смешения некоторое время корёжили тело и изводили, точили душу императора. — Евгений Шепельский, Варвар, который ошибался, 2017