«Сепарировать» - ударение в слове
В данном слове ударение ставят на слог с буквой И — сепарИровать.
сепарИровать.
Примеры
Эти знания начнут сепари́ровать, распределять по полкам, а книга будет провоцировать разбор знания. — Ю. В. Кретов, Аструс. Новая физика, 2013