«Побаливают» - ударение в слове
В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой А — побАливают.
побАливают.
Побаливают - образовано от слова побаливать
Примеры
Не знаю, Гарри, может, шрамы от проклятий всегда немного поба́ливают... — Джоанн Роулинг, Гарри Поттер и кубок огня