«Морфемой» - ударение в слове
В указанном выше слове ударение следует ставить на слог с буквой Е — морфЕмой.
морфЕмой.
Морфемой - творительный падеж слова морфема
Примеры
Происходит перераспределение между основными единицами этих уровней (фонемой, морфе́мой, лексемой и т. — В. В. Колесов, «Жизнь происходит от слова…», 2015