«Морфемами» - ударение в слове
В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой Е — морфЕмами.
морфЕмами.
Морфемами - творительный падеж, множественное число слова морфема
Примеры
Наблюдая за непродуктивными морфе́мами, мы замечаем, что механизм amarrage, т. — Н. Д. Арутюнова, Проблемы морфологии и словообразования, 2007
Та или иная комбинация звуков непременно связывается с привычными для этих звуков и для подобных комбинаций смысловыми значениями, с аналогичными морфе́мами и т. — Б. И. Арватов, Речетворчество, 1923
Для этого используются слова с похожими или одинаковыми морфе́мами. — С. Н. Мишанин, Рекламное дело. Шпаргалка, 2009
Слова состоят из значимых частей, которые называются морфе́мами: приставки, корня, суффикса и окончания. — М. М. Баронова, Русский язык. Полный справочник для подготовки к ГИА, 2010