«Молились» - ударение в слове
В таком слове ударение падает на слог с первой буквой И — молИлись.
молИлись.
Молились - образовано от слова молиться
Примеры
Опасность развоплощения от недостатка силы исчезла, мои подданные, особенно женская её часть, быстро оценили полезность богини и моли́лись очень фанатично. — Георгий Лопатин, Божественный уровень, 2015
Капитан метался вокруг рубки, тщетно пытаясь поднять на ноги полдюжины матросов, которые стояли на коленях и моли́лись. — Борис Акунин, Пелагия и черный монах, 2001