«Молекуле» - ударение в слове
В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой Е — молЕкуле.
молЕкуле.
Молекуле - дательный падеж слова молекула
Примеры
Мы также говорим о моле́куле ДНК, поскольку ДНК в действительности представляет собой сложное молекулярное соединение, или макромолекулу. — Юстейн Гордер, Мир Софии