«Микроскопирование» - ударение в слове
В таком слове ударение следует ставить на слог со второй буквой И — микроскопИрование.
микроскопИрование.
Примеры
Основным методом исследования в гистологии является микроскопи́рование — изучение гистологических препаратов под микроскопом. — Т. Д. Селезнева, Гистология. Полный курс за 3 дня
Основным методом исследования биологических объектов, используемым в гистологии является микроскопи́рование, т. — Александр Седов, Гистология человека: конспект лекций для вузов