«Микрофлорой» - ударение в слове
В упомянутом выше слове ударения должны быть поставлены на слог с буквой И и на слог со второй буквой О — мИкрофлОрой.
мИкрофлОрой.
Микрофлорой - творительный падеж слова микрофлора
Примеры
Микроскопические обитатели вашего кишечника, которых чаще всего обобщённо называют ми́крофло́рой кишечника, – настоящие труженики (5). — Уитни Боу, Моя неидеальная кожа, 2018
Нарушения функционирования организма могут быть вызваны дефицитом веществ, обезвоживанием, наличием в организме паразитов, нарушенной ми́крофло́рой кишечника, закислённостью организма, сбоем нормальных ритмов работы и отдыха, нарушениями сна, ослабленной иммунной системой, недостатком энергии в мозге и т.д. — Вирго И Людмила Михкельсоо, ВЕРНИ СВОЕ ЗДОРОВЬЕ САМ - Устрани накопившиеся в организме нарушения“, 1. köide
К ним относятся те болезни, которые провоцируются условно-патогенной ми́крофло́рой организма при понижении имунитета. — Андрей Бодров, История эпидемий. От чёрной чумы до COVID-19, 2020