«Микрофауна» - ударение в слове
В данном слове ударение падает на слог с первой буквой А — микрофАуна.
микрофАуна.
Примеры
Почвенная микрофлора и микрофа́уна являются основным источником белкового питания дождевых червей. — В. В. Горбунов, Дождевые черви для повышения урожая, 2012