«Магистралью» - ударение в слове
В таком слове ударение падает на слог с последней буквой А — магистрАлью.
магистрАлью.
Магистралью - творительный падеж слова магистраль
Примеры
Эшелон медленно тащился южной магистра́лью по плоской, унылой местности. — Ивлин Во, Возвращение в Брайдсхед
Был здесь сормовский рабочий, посланный в поездку общим собранием, и строитель со Сталинградского тракторного завода, десять лет назад лежавший в окопах против Врангеля на том самом поле, где теперь стоит тракторный гигант, и ткач из Серпухова, заинтересованный Восточной Магистра́лью, потому что она должна ускорить доставку хлопка в текстильные районы. — Илья Ильф, Двенадцать стульев. Золотой теленок