«Комиссариатом» - ударение в слове
В таком слове ударение падает на слог с последней буквой А — комиссариАтом.
комиссариАтом.
Комиссариатом - творительный падеж слова комиссариат
Примеры
Да и управленческих просчётом и серьёзных ошибок новым комиссариа́том во главе с решительной начальницей было сделано немало в неразберихе тех дней. — Михаил Сухоруков, Пенсионная история России: с советских времен и до наших дней