«Клубеньках» - ударение в слове

Бактерии из рода Rhizobium, живущие в клубенька́х на корнях клевера, фасоли, сои, люпина, обеспечиваются пищей (углеводы) и местообитанием, а растения получают взамен от них доступную форму азота. — Я. Л. Мархоцкий, Основы экологии и энергосбережения, 2014

Точно такой же процесс происходит в клубенька́х бобовых растений. — С. М. Гладков, Кулинарная книга жизни. 100 рецептов живой растительной пищи, 2011

Ярким примером служат бобовые культуры (фасоль, горох, бобы), на корнях которых располагаются специфические бактерии, способные связывать азот, поступивший из воздуха, и аккумулировать его в клубенька́х, причём в такой форме, который максимально полно усваивается другими растениями. — Г. А. Серикова, Отличный урожай круглый год, 2013