«Индексировать» - ударение в слове
В таком слове ударение должно быть поставлено на слог со второй буквой И — индексИровать.
индексИровать.
Примеры
Этот компьютер не должен иметь никакой другой цели, кроме как индекси́ровать файлы и осуществлять поиск в домене.
Сервер начинает индекси́ровать домен в следующее, намеченное для этого время.