«Фонему» - ударение в слове
В указанном выше слове ударение падает на слог с буквой Е — фонЕму.
фонЕму.
Фонему - винительный падеж слова фонема
Примеры
К этому надо добавить и систему письма, имеющую в своей основе не фоне́му, а символ — иероглиф. — Л. В. Кудрявцев, Летающий остров аниме
ГРАФЕМА — письменный символ, используемый для того, чтобы выразить единицу речи — фоне́му. — А. В. Трухачев, Дизайн. Словарь терминов, 2013