«Филярий» - ударение в слове
В таком слове ударение падает на слог с буквой Я — филЯрий.
филЯрий.
Филярий - родительный падеж, множественное число слова филярии
Примеры
Возможна медикаментозная терапия с использованием противогельминтных средств, однако гибель большого количества филя́рий может сопровождаться реакциями. — В. А. Подколзина, Справочник окулиста