«Эмболий» - ударение в слове
В таком слове ударение следует ставить на слог с буквой И — эмболИй.
эмболИй.
Эмболий - родительный падеж, множественное число слова эмболия
Примеры
Такие тромбы могут отрываться и уноситься кровотоком в различные места организма, приводя к возникновению эмболи́й (закупорке). — Е. В. Корсун, Избавляемся от варикоза и тромбофлебита. Фитотерапия заболеваний сосудов, 2010
Эмболии в мозг составляют половину всех выявляемых клинических эмболи́й в организме. — М. А. Краснова, Реабилитация после инсульта