«Дыры» - ударение в слове
Слово дыры может употребляться в 2-х разных значениях:
1) дыры́ — родительный падеж слова дыра
В данном варианте ударение падает на слог с последней буквой Ы — дырЫ.
2) ды́ры — множественное число слова дыра
В указанном выше варианте ударение падает на слог с первой буквой Ы — дЫры.
Примеры
Максим поискал в зените дыру, пробитую кораблем, но дыры там не было – там расплывались только две большие черные кляксы, словно капли туши в воде.
Теперь капитан мог без помехи приступить к снаряжению двух лодок, заделке дыры в одной из них и назначению команды для них.
Сперва мы видим как он по-дельфиньи бултыхается в воде, потом видим его с вертолета через прицел потом он весь продырявлен и море вокруг него розовое и сразу тонет словно через дыры набрал воды.
Возможно, после колымских шурфов дыры в земле не давали ему покоя.
Из дыры в земле раздавалось зловоние.