«Атоме» - ударение в слове

Поскольку и тех и других частиц в а́томе одинаковое количество, то атом в целом электрически нейтрален. — Андрей Кананин, Нереальная реальность. Вся трилогия в одной книге

Совсем как энергетические уровни в а́томе. — С. В. Герасимов, Логика прыжка через смерть

Согласно её электроны в а́томе движутся по стандартным орбитам с определёнными радиусами rn, которые не изменяются во времени без воздействия внешних сил. — Анатолий Трутнев, Физика пространства