«Атомами» - ударение в слове
В данном слове ударение следует ставить на слог с первой буквой А — Атомами.
Атомами.
Атомами - творительный падеж, множественное число слова атом
Примеры
Демокрит называл эти кирпичики а́томами. — Юстейн Гордер, Мир Софии
Демокрит называл эти мельчайшие частицы а́томами. — Юстейн Гордер, Мир Софии
– А что происходит со старыми а́томами? — Терри Пратчетт, Мрачный Жнец
Неужели же есть какое-то непостижимое сродство между его душой и химическими а́томами, образующими на полотне формы и краски? — Оскар Уайльд, Портрет Дориана Грея
Называйте это как хотите – квантами, а́томами, – но это свет, это солнце. — Юрий Олеша, Сборник "Три толстяка"