«Ампулой» - ударение в слове
В таком слове ударение ставят на слог с буквой А — Ампулой.
Ампулой.
Ампулой - творительный падеж слова ампула
Примеры
Олег следил за порхающими руками Веги: как она подправила подушечку под локтем, вату под наконечником, провела пальцами по резиновой трубке и стала немного приподнимать с а́мпулой верхнюю передвижную часть стойки. — Александр Солженицын, Раковый корпус