«Агглютинировать» - ударение в слове
В таком слове ударение ставят на слог с последней буквой И — агглютинИровать.
агглютинИровать.
Примеры
На поверхности вируса находятся выступы (гликопротеины) — гемагглютинин (названный так из-за способности агглютини́ровать эритроциты) и нейраминидаза (фермент). — И. В. Балабанов, Нанотехнологии. Правда и вымысел
Многие вирусы обладают способностью агглютини́ровать (склеивать) эритроциты строго определённых видов млекопитающих и птиц. — В. Б. Сбойчаков, Микробиология с основами эпидемиологии и методами микробиологических исследований, 2011